هي الشعبة المسؤولة عن النهوض بواقع المختبرات في المؤسسات العلمية والبحثية والطبية ولكي تكون ضمن معاير ومواصفات عالية وعالمية  .ان ضمان جودة المختبرات سيعود على المؤسسات بالفائدة وتكون هذه المؤسسة او الجامعة مصاف الجامعات المتقدمة حيث ستعمل على اتقان عمل المختبرات لإجرائها القياسات والفحوصات العلمية والهندسية والطبية الدقيقة والمعتمدة لدى جميع المؤسسات العالمية ولكي تقدم الافضل في مجال البحث العلمي والدراسات العلمية المتقدمة .

ان مهام شعبة اعتماد المختبرات هي :

1. مراقبة وتدقيق مواصفات المختبرات مع متطلبات المواصفات القياسية المعتمدة.
2. تحديد المواصفات الفنية للأجهزة والمعدات وترميزها وتوثيق بياناتها بالتنسيق من قبل مسؤولي المختبرات مع المختبرات في الجامعة والجامعات الاخرى.
3. متابعة تنفيذ برامج المعايرة للأجهزة والمعدات مع الجهات ذات العلاقة.
4. التنسيق لفتح دورات مبرمجة لتدريب العاملين في المختبرات.
5. التنسيق مع قسم اعتماد المختبرات في وزارة التعليم العالي والبحث العلمي لتحسين وتطوير اداء المختبرات لتحقيق اعتماد المختبرات من قبل احد الجهات المتخصصة.

6.اتخاذ ما يلزم لتفعيل الاجراءات والمتطلبات التي يحددها فريق اعتماد المختبرات ميدانيا.

7.اجراء تدقيق داخلي فعال لعينات عشوائية في المختبرات وبالجهود الذاتية للوقوف على مدى كفاءة الفحوص بين فترة واخرى.